通常情况下，企业改制和资产重组的存在以下的难点问题：

(一)企业的产权关系难理顺，尤其是涉及到国有资产，还要对企业的产权性质进行界定。另外部分企业存在交叉持股、循环持股等情况，如母公司的孙子公司还是母公司的股东等现状，遇到类似情况，理顺企业的产权关系会非常的困难。

(二)资产重组管理难，尤其是涉及到人员的重新调整问题，资产效益好的企业大家争着去管，效益不好的企业大家都不愿去管。另外股东之间为争企业的管理权和控制权又往往互相扯皮，使企业管理团队难以形成核心力量。

(三)剥离后的资产处理难，尤其是涉及到主辅分离的情况，将辅业资产交出去处理会非常难。另外让剥离出去的资产实现自负盈亏更难。

(四)如何实现资产优化，让改制和重组后的企业能够实现盈利或达到盈利的最佳点真正实施起来是一件比较困难的事情。因为企业资产重组的盈利预测或分析往往是依据企业的财务报表和资产评估报告等纸面材料作出的，而这些被依据的财务报表和资产评估报告自身也并非是完全客观真实的，而且其反映的完全是过去的、静态的情况，无法很好地反映出或决定企业未来的动态的情况。